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Código Secreto Dúo conserva los elementos básicos de Código Secreto : dar pistas de una sola palabra para intentar que alguien identifique a tus agentes entre los que están sobre la mesa. Ahora, además, trabajáis en equipo para encontrarlos a todos. (¡El porqué aún no sabes quiénes son tus agentes es una pregunta que los investigadores del Congreso te harán más adelante!).

Para empezar a jugar, coloca 25 tarjetas de palabras en una cuadrícula de 5×5. Coloca una tarjeta clave en el soporte de forma que cada jugador vea una cara. Cada jugador ve una cuadrícula de 5×5 en la tarjeta, con nueve casillas verdes (que representan a tus agentes) y tres casillas negras (que representan a los asesinos). Tres de las nueve casillas de cada lado también son verdes por el otro lado; un asesino es negro por ambos lados, otro es verde por el otro lado y el tercero es un inocente por el otro lado.

En conjunto, deben revelar a los quince agentes —sin delatar al asesino— antes de que se acabe el tiempo para ganar la partida. Cualquiera de los jugadores puede dar la primera pista de una palabra al otro, junto con un número. Quien recibe la pista coloca un dedo sobre una tarjeta para identificar al agente. Si acierta, puede intentar identificar a otro. Si identifica a un transeúnte, se le acaba el tiempo. Si identifica a un asesino, ¡ambos pierden! A diferencia de las versiones clásicas de Código Secreto, pueden seguir intentando adivinar siempre que identifiquen a un agente; esto es útil para revisar pistas anteriores y encontrar las que se les hayan escapado. Tras dar la primera pista, los jugadores se turnan para dar pistas.